קיימות שיטות שונות לניקוי תבניות הזרקה, המתחלקות בעיקר לשתי קטגוריות: ניקוי פיזי וניקוי כימי.
בין שיטות הניקוי הפיזי, ניגוב ידני הוא גישה בסיסית וגמישה. באמצעות מטליות נקיות, מברשות וכלים אחרים, יחד עם חומרי ניקוי מתאימים, ניתן להסיר בקפידה שמן, אבק וזיהומים אחרים על פני התבנית. ללכלוך עיקש יותר, ניקוי מים בלחץ גבוה- יעיל יותר. הוא מנצל את ההשפעה העוצמתית של סילוני מים-בלחץ גבוה כדי לחדור לעומק התבנית ולפני השטח שלה, ולשטוף ביסודיות את הלכלוך. בנוסף, התזת חול היא שיטת ניקוי פיזי יעילה נוספת. חלקיקי שוחקים-במהירות גבוהה מותזים כדי לנקות בעוצמה את פני התבנית, תוך הסרת אבנית, חלודה ושאר לכלוך שקשה-להסיר אותו ביעילות.
ניקוי כימי מסתמך על התגובה הכימית בין ריאגנטים כימיים ללכלוך. לדוגמה, חומרי ניקוי חומציים או אלקליים יכולים להסיר במהירות שמן, חלודה וזיהומים אחרים ממשטח התבנית. עם זאת, נדרשת זהירות בעת שימוש בניקוי כימי, מכיוון שחלק מהריאגנטים הכימיים עלולים לשתות חומרי עובש. לכן, יש לשלוט בקפדנות על זמן הניקוי וריכוז הריאגנטים כדי למנוע פגיעה בעובש.
בנוסף לשיטות שהוזכרו לעיל, ניקוי קולי הוא גם שיטת ניקוי מומלצת. התבנית מונחת במיכל ניקוי קולי המכיל חומר ניקוי. תוך ניצול אפקט הקוויטציה של אולטרסאונד, בועות זעירות נוצרות ומתפוצצות באופן מיידי, מה שיוצר השפעה עוצמתית המסירה לכלוך ממשטח התבנית. שיטה זו מספקת לא רק תוצאות ניקוי מצוינות אלא גם מגיעה לעומק האזורים המשובחים של התבנית, ומבטיחה ניקוי יסודי.
